Il secondo piano offre una panoramica sugli insediamenti del territorio, Krimissa, Petelia, Makalla, aree geografiche ricche di tradizioni mitiche e legate a culti fondamentali per la polis greca (Sirene, Filottete, Apollo Alaios).
Il percorso espositivo prosegue con una sezione dedicata ai principali santuari della città. Particolare riguardo gode il santuario della dea Hera Lacinia presso il promontorio di Capo Colonna con il suo tesoro:  spiccano per bellezza il diadema aureo e una misteriosa barchetta nuragica realizzata in bronzo.